139 Arbeiten
Die Studie integriert Multi-Omics-Daten aus dem dorsolateralen präfrontalen Kortex von Alzheimer-Patienten, um ein mehrschichtiges regulatorisches Netzwerk zu rekonstruieren, das eine koordinierte Herunterregulierung energieproduzierender Stoffwechselwege wie des TCA-Zyklus und der oxidativen Phosphorylierung aufzeigt, welche zu den bioenergetischen Defiziten der Erkrankung beitragen.
Die Studie stellt TwinCell vor, ein großes kausales Zellmodell, das durch die Kombination von Single-Cell-Embeddings mit einem biologischen Interaktom zuverlässige und interpretierbare therapeutische Zielstrukturen identifiziert, die in vitro und klinisch validiert wurden und dabei den Transfer von Zelllinien auf Patientendaten ermöglichen.
Diese Studie des MoTrPAC-Konsortiums zeigt, dass akutes Ausdauer- und Krafttraining beim Menschen eine zeitlich abgestufte, multi-omische Reaktion im Skelettmuskel auslösen, bei der epigenetische und metabolische Veränderungen der Genexpression und Proteinsynthese vorausgehen und spezifische regulatorische Netzwerke für Stoffwechsel, Angiogenese und Autophagie aktivieren.
Diese Studie identifiziert Nicotinsäureribosid (NaR) als vom Leber-Uhr kontrolliertes zirkulierendes Metabolit, das über die Bindung an den Prefoldin-Komplex die Faltung von Proteinen und die Adipogenese in einer zeitabhängigen Weise reguliert.
Die Studie stellt dAMN vor, ein hybrides neuronales-mechanistisches Modell, das genomweite dynamische Flussbilanzanalysen mit neuronalen Netzen kombiniert, um das Wachstum von Bakterien wie E. coli und P. putida in verschiedenen Nährstoffumgebungen präzise vorherzusagen.
Das MoTrPAC-Projekt untersucht die physiologischen und molekularen Grundlagen der gesundheitlichen Vorteile von akuten und chronischen Ausdauer- sowie Krafttrainingsprogrammen bei gesunden, inaktiven Erwachsenen und zeigt, dass beide Trainingsformen unterschiedliche Anpassungsmechanismen auslösen.
Die Studie stellt einen likelihood-freien Inferenzansatz mittels neuronaler Posterior-Schätzung vor, der es ermöglicht, Parameter für räumlich-zeitliche stochastische Modelle der Zellmigration direkt aus Simulationen abzuleiten und dabei sowohl zusammengefasste Statistiken als auch Rohbilddaten zu nutzen, um die Limitierungen herkömmlicher Methoden wie Approximate Bayesian Computation zu überwinden.
Diese Studie integriert Multi-Omics-Daten und Multi-Trait-Analysen, um regulatorische Mechanismen und 39 Kandidatengene für die Progression der metabolischen Dysfunktions-assoziierten Steatoselebererkrankung (MASLD) zu identifizieren, wobei die Rolle von MLIP im Lipidstoffwechsel experimentell validiert und die Ergebnisse über ein interaktives Webportal zugänglich gemacht werden.
Die Studie zeigt, dass die altersbedingte Nierenfibrose primär durch eine beeinträchtigte Degradation der extrazellulären Matrix verursacht wird, was zu einer stark verlangsamten Erneuerung von Basalmembran- und Fibrillarkollagenen sowie zu strukturellen Veränderungen führt, die die Proteasezugänglichkeit und Matrixwechselwirkungen beeinträchtigen.
Diese Studie vergleicht drei rechnerische Methoden zur Analyse von snRNA-seq-Daten bei Glioblastomen und identifiziert tumorassoziierte Makrophagen als metabolisch dominante Zellen im Tumormikromilieu, die durch koordinierte Lipidstoffwechselwege und die Unterstützung maligner Zellen als vielversprechendes therapeutisches Ziel hervorstechen.
Diese Arbeit stellt eine Taxonomie für Steuerungsprobleme in Booleschen Netzwerken vor, um die Inkonsistenzen zwischen verschiedenen Software-Tools zu erklären, und entwickelt einen konsistenten Metrikansatz zur zuverlässigen Priorisierung von Mutationen für die Steuerung biologischer Phänotypen.
Die Studie zeigt, dass eine vorherige Stressgeschichte Bakterien in einen transienten Toleranzzustand versetzt, der das Überleben unter Beta-Lactam-Antibiotika während der Resuscitation begünstigt und damit das schnelle Wiederwachsen der Population nach der Behandlung antreibt.
Die Studie zeigt, dass TGFβ-Corezeptoren das Signalnetzwerk überwiegend hemmen und durch Ligandenkonkurrenz die Wahrnehmung von Stimuli verändern, wodurch Zellen durch die Regulation eines einzigen Gens ihre aktive Liganden-Rezeptor-Umgebung flexibel umschalten können.
Die vorliegende Arbeit stellt die Generalisierte Morphogenese-Theorie (GMT) als ein universelles Fluss-Trägheits-Modellierungsframework vor, das durch empirische Validierung auf molekularer und organischer Ebene sowie die Identifizierung von 12 kanonischen dynamischen Mustern die strukturellen Ähnlichkeiten dissipativer Systeme über verschiedene Skalen hinweg erklärt.
Die Studie stellt eine einheitliche mathematische Grundlage für verschiedene Methoden zur Inferenz von Einzelstichproben-Netzwerken bereit, analysiert deren Kompromisse zwischen Genauigkeit und Spezifität und schlägt vor, diese Erkenntnisse für die Entwicklung eines gemeinsamen Frameworks zur Verbesserung der Netzwerkinferenz zu nutzen.
AOPGraphExplorer 2.0 ist eine interaktive, graphbasierte Plattform, die es ermöglicht, Adverse Outcome Pathways aus AOP-Wiki durch die Integration multipler biomedizinischer Domänen zu visualisieren, zu annotieren und zu analysieren, um so die mechanistische Interpretation und evidenzbasierte Entscheidungsfindung in der Toxikologie und Risikobewertung zu unterstützen.
Diese Studie nutzt eine robotergestützte Pipeline und maschinelles Lernen an Hefe, um ein altersaufgelöstes Einzelzell-Atlas des Proteoms zu erstellen, das weitreichende räumliche Umstrukturierungen aufdeckt und zeigt, dass biophysikalische strukturelle Eigenschaften bestimmen, welche Proteine während des Alterns instabil werden.
Diese Studie nutzt eine räumliche Einzelzell-Proteomanalyse an Hefe, um zu zeigen, dass die Alterungshallmarken durch einen Verlust der subzellulären Kompartimentierung und Aggregation von Proteinen zusammenhängen, wobei eine hierarchische Abfolge von zellulären Fehlern beginnt, die durch die Desorganisation der Nukleolen, den Abbau der Proteostase und mitochondriale Dysfunktion eingeleitet wird.
Die Studie zeigt, dass eine hochdosierte Vitamin-D-Supplementierung bei vape-exponierten weiblichen Ratten Entzündungs- und Gerinnungswerte sowie Nikotinspiegel senken und so die durch Vaping verursachten pathologischen Veränderungen in der Lunge mildern kann.
Eine großangelegte Studie an Herztransplantationspatienten zeigt, dass ein höheres Alter des Empfängers mit einer verringerten Wahrscheinlichkeit für Abstoßungsreaktionen sowie altersbedingten Veränderungen in der Zusammensetzung und Genexpression des Immunsystems einhergeht, was eine personalisierte Immunsuppression begründet.